В отличие от современной академической науки, когда Академия наук имеет множество научных центров в различных регионах страны, дореволюционная наука, несмотря на существование Академии наук в Петербурге, прежде всего концентрировалась в университетах. Университетский устав 1884 г. давал четкое определение основной цели университета: "...Университеты имеют целью содействовать развитию наук и сообщать лицам высшее научное образование". Такое назначение университета было выработано всей длительной историей университетов Западной Европы и России.

Университет, таким образом, включает в себя два основных элемента: научный и учебный. Дореволюционный преподаватель университета, как и современный, должен был быть в курсе новейших достижений науки, чтобы использовать их в учебном процессе. Однако и тогда нередко высказывались мнения, что университет - это лишь учебное заведение, а миссия профессоров заключается главным образом в обязанности учить студентов. Тем не менее наука занимала важное место в деятельности дореволюционного университета, а функции университета никогда не ограничивались исключительно целями преподавания.

В этой связи показательна судьба первого в Сибири высшего учебного заведения, Томского университета, учрежденного в 1878 г., когда в России осуществлялись великие преобразования, начало которым положили реформы Александра II. Вплоть до начала XX в. Томский университет был единственным форпостом высшего образования и науки на огромной территории Азиатской России. Именно ему была уготована почетная миссия подготовки врачей, юристов и экономистов, столь необходимых для Сибири. Томский университет сыграл также огромную роль в исследовании природы Сибири и ее богатств, в изучении истории и экономики этого региона.

Научные исследования в Томском университете с первых лет его существования занимали важное место в жизни вуза. Для приехавших в Томск из Европейской России молодых ученых открывались прекрасные возможности для изучения еще не исследованных обширных сибирских просторов, претворения своих замыслов и планов в лабораториях молодого университета, вовлечения в занятия наукой своих учеников.

Основными формами организации научных исследований в то время были экскурсии и экспедиции, лабораторные и клинические исследования, командировки в учебные и научные центры Европейской России и Западной Европы, участие в работе научных обществ, выступления с докладами на съездах и конгрессах, включая международные.

Первые десятилетия существования Томского университета были и временем становления научных школ и направлений в области медицины, экономики и права. На этом пути были большие трудности. Дело в том, что многие профессора были энтузиастами-одиночками и зачастую не всегда стремились привлекать к своей работе студентов. В штатном расписании Томского университета вплоть до 1917 г. должности приват-доцента не существовало, незначительным было и число вакансий профессорских стипендиатов, поэтому не всегда представлялось возможным оставлять на кафедре талантливую молодежь. Защитившие же диссертации вынуждены были искать место в других университетах России.

Следует также иметь в виду и то обстоятельство, что в дореволюционный период отсутствовало характерное для советского времени планирование научных исследований и их соответствующее финансирование. Нередко научные школы, имевшие неплохие перспективы, вынуждены были прекращать свое существование, а профессора, стоявшие у их истоков, переходили на работу в университеты Европейской России.

Что касается физико-математических, ряда естественных и гуманитарных наук, то отсутствие вплоть до 1917 г. в составе Томского университета физико-математического и историко-филологического факультетов не позволило сформироваться в этих областях научным школам. Исследования в области права и экономики, набиравшие темпы в рамках юридического факультета, были прекращены на долгие годы (вплоть до 50-х гг. XX в.) в связи с закрытием юридического факультета, а в 1922 г. и факультета общественных наук. То же самое произошло и с историческими и филологическими науками, исследования по которым в Томском университете возобновились лишь в начале 40-х гг.

В целом же в дореволюционный период деятельности Томского университета произошло формирование главным образом медицинских школ (М.Г. Курлов, П.В. Бутягин, П.М. Альбицкий, А.В. Репрев, Д.И. Тимофеевский, П.П. Авроров, П.В. Буржинский, Н.В. Вершинин, Э.Г. Салищев, П.И. Тихов и др.), что объяснялось в первую очередь длительностью существования медицинского факультета. В эти годы происходило оформление школы ботаников, ставшей впоследствии известной как сибирская ботаническая школа П.Н. Крылова, которая достигла своего расцвета уже в советский период. Весьма интенсивно велись исследования в области права (П.М. Богаевский, И.А. Малиновский, С.П. Мокринский, И.В. Михайловский, Н.Н. Розин, С.И. Солнцев и др.) Можно говорить о существовании экономической школы, представленной профессорами М.Н. Соболевым, М.И. Боголеповым, П.И. Лященко.

Подчеркивая заслуги Томского университета на ниве науки, культуры и просвещения, тогдашний ректор Томского университета ординарный профессор М.Ф. Попов писал в 1913 г.: "Удовлетворяя потребности Сибири в юристах, врачах, и, вообще, в образованных людях, усердно изучая природные богатства края и разнообразными способами содействуя развитию духовных сил общества и улучшению условий жизни, Университет несомненно оправдывает надежды и упования, которые возлагались на него при открытии".

Основатели дореволюционных научных школ в Томском университете, его профессора, создавая атмосферу духовности, творчества, преданности науке и любви к своим ученикам воспитывали своих преемников и продолжателей. Нынешний классический Томский университет благодаря и их самоотверженному труду стал одним из крупнейших научно-образовательных и культурных центров России.