Процесс усиления государственной власти неизбежно выдвигал вопрос о положении церкви в государстве и об отношениях между церковью и государством. Царская власть с завистью смотрела на богатства церквей и монастырей.
Кроме того, в XVI в. в Русской православной церкви не утихали споры между иосифлянами и нестяжателями.
Иосифляне - последователи Иосифа Волоцкого, выступавшие в конце XV - середине XVI вв. с критикой нестяжателей. Отстаивали незыблемость церковных догматов, необходимость церковно-монастырского землевладения. Защищали тезис о богоустановленности великокняжеской власти, доказывали правомерность притязаний Русской православной церкви на патриаршую форму управления.
Нестяжатели - приверженцы религиозно-политического течения в конце XV - начале XVI вв. Нестяжатели проповедовали необходимость отказа церкви от "стяжания" (приобретения земельных и имущественных ценностей) как противоречащего евангельским принципам. Идеологи: Нил Сорский, Вассиан Косой и др. Против нестяжателей выступили иосифляне. Нестяжатели осуждены на церковных соборах 1503 г., 1531 г.
В январе–феврале
Ряд участников Стоглавого собора (иосифляне) встретили программу, изложенную в царских вопросах, ожесточенным сопротивлением.
Программу царских реформ, намеченных Избранной радой, в наиболее существенных пунктах Стоглавый собор отклонил. Гнев Ивана IV обрушился на наиболее видных представителей иосифлян. 11 мая
Вместе с тем, были проведены преобразования во внутренней жизни церкви. Утверждался созданный ранее пантеон общерусских святых, унифицировался ряд церковных обрядов. Были приняты также меры по искоренению безнравственности духовного сословия.